1877an Donostiako Udalak Solfeo Eskola sortu zuen, bertako irakasle Juan Jose Santesteban, kapera maisua eta Koruko Andre Mariaren elizako organo-jolea, eta Raimundo Sarriegui, Donostiako Martxaren eta ihauteriari lotutako hiriko hainbeste herri-doinuen egilea, izendatuta.
1879an ofizialki sortu zen Udal Musika Akademia bertako biolin irakasle Fermin Barech izendatuta, beranduago Akademiako zuzendari ere izango zena Santesteban Jaunaren ukoaren ondorioz.
1880an “txistuaren irakaskuntza publikorako” matrikula iragarri zen.
1882-tik aurrera Udal Musika Akademiak honako hauek irakatsi zituen: solfeoa, txirula, fagota, oboea, turuta, tronpa, tronboia, bonbardinoa, biolina, biolontxeloa, kontrabaxua, klarinetea eta saxofoia, guztira 358 izanda.
1936-ko otsailaren 28an Instrukzio Publikoko Ministerioak bertako irakaskuntzen balioa onartu zion zentroari, eta ondorioz Oinarrizko Mailako Kontserbatorio izatera igaro zen.
1939-ko apirilaren 15ean Goi Mailako Ikasketetarako balioa onartu zitzaion.
1976-ko maiatzaren 12an Kontserbatorioen estatu mailako berrantolaketa baten ondoren, Donostiako Kontserbatorioari goi mailaren ofizialtasuna onartu zitzaion piano-ikasketetarako.
1980ko azaroaren 14an berriro onartu zitzaion goi mailako ikasgai guztien ofizialtasuna garai honetan Donostiako Kontserbatorioa Udalaren mendeko zentroa baitzen, hau da, Udal kudeaketapekoa.
Data honetatik aurrera, Donostiako Kontserbatorioa Kantauri itsasoko ertzetik Madrilerainoko Goi Mailako Kontserbatorio bakarra bihurtu zen. Garai hartan jatorri ezberdineko ikasleak etorri ziren gure zentrora gai zehatzen inguruko irakaskuntza jasotzera, esaterako, Musikaren Pedagogia, Konposizioa eta Orkestra Zuzendaritza…
Gure ingurune geografikoko irakasleetariko asko zentro honetan prestatu ziren, Orkestra Sinfonikoa, Banda, Ballet Taldea, Eskusionuen Orkestra, Perkusio Taldea eta abar edukitzera iritsi zena, eta bere kultur jarduera nabarmena urtean 360 kontzertutik gorako musika eskaintzan gauzatu zen.
1993-an titulartasun-aldaketa prozesu bat hasi zen eta 1998-an bukatu zen Kontserbatorioa Eusko Jaurlaritzaren Hezkuntza Saileko irakaskuntza-sare publikoan barneratuta Erdi Mailako Zentro gisa.
2000an Erdi Mailari Oinarrziko Mailako irakaskuntzak batu zitzaizkion.
2002/2003 ikasturtetik aurrera, Zubiri-Manteo BHIrekin egindako akordio baten ondoren, Musika Batxillergoa ezarri zen Kontserbatorioan, Batxillergoko ikasketa orokorrak eta musika-ikasketen aldiberekotasuna erraztuta.
2008/2009 ikasturtetik aurrera Musika Irakaskuntza Profesionalak ezarri ziren.
Zentro honetako irakasle entzutetsu batzuk hauek izan dira:
Luis Urteaga, Tomás Garbizu, Ramón Usandizaga, Beltrán Pagola, Jesús Gonzalez Alonso, Pedro Gorostola, Eduardo H. Asiain, Juan Padrosa, Francisco Escudero, Tomás Aragués, Esteban Elizondo, José Luis Marco, José Antonio Medina Labrada, Jesús María Alberdi, Mikel Bikondoa, Cristina Navajas eta abar.