En 1877 el Ayuntamiento de San Sebastián crea la Escuela de Solfeo, nombrando como profesores a Juan José Santesteban, maestro de capilla y organista de la Basílica de Santa María del Coro, y a Raimundo Sarriegui, autor de la Marcha de San Sebastián y melodías populares vinculadas al Carnaval de la ciudad.
En 1879 se crea oficialmente la Academia Municipal de Música nombrando a Fermín Barech Profesor de Violín y Director de la Academia tras la renuncia de Sr. Santesteban.
En 1880 se comienza a impartir la “enseñanza pública de silbo” (Txistu).
A partir de 1882 la Academia Municipal de Música imparte las siguientes enseñanzas: solfeo, flauta, fagot, oboe, cornetín, trompa, trombón, bombardino, violín, violonchelo, contrabajo, clarinete y saxofón con un total de 358 alumnos.
En 1936 el Ministerio de Instrucción Pública reconoce al Centro la validez de los estudios en él impartidos con lo que pasa a convertirse en Conservatorio de Enseñanzas Elementales.
En 1939 se le reconocen la validez para los Estudios de Grado Superior.
En 1976, después de una reorganización de los Conservatorios a nivel estatal, se le reconoce al Conservatorio de San Sebastián la oficialidad del Grado Superior para los estudios de piano.
En 1980 se le reconocen la oficialidad de todas las asignaturas del Grado Superior siendo esta época el Conservatorio de San Sebastián un centro dependiente del Ayuntamiento de San Sebastián, de gestión municipal
En esta época, el Conservatorio de San Sebastián se convierte en el único Conservatorio de Grado Superior de toda la cornisa cantábrica hasta Madrid con alumnos de procedencias muy diversas para recibir enseñanzas de Pedagogía Musical, Composición, Dirección de Orquesta, etc.
Muchos profesores procedentes de la geografía cercana se prepararon en este centro y llegando a albergar una Orquesta Sinfónica, Banda, Grupo de Ballet, Orquesta de Acordeones, Grupo de Percusión, etc. llegando a ofrecer más de 360 conciertos. anuales.
En 1993 comienza un proceso de transferencia de titularidad que culmina en 1998 , fecha en la que el Conservatorio se integra en la red pública de enseñanzas del Departamento de Educación del Gobierno Vasco impartiendo enseñanzas de Grado Medio.
En 2000 incorpora las Enseñanzas Elementales.
Desde el curso 2002/2003, tras un acuerdo con el Instituto Zubiri-Manteo se implanta el Bachiller Musical en el Conservatorio, facilitando así la simultaneidad de los estudios de Bachiller con los musicales
A partir del curso 2008/2009 se implantan las Enseñanzas Profesionales de Música.
Estos han sido algunos de los músicos y profesores ilustres del Conservatorio:
Luis Urteaga, Tomás Garbizu, Ramón Usandizaga, Beltrán Pagola, Jesús González Alonso, Pedro Gorostola, Eduardo H. Asiain, Juan Padrosa, Francisco Escudero, Tomás Aragués, Esteban Elizondo, José Luis Marco, José Antonio Medina Labrada, Jesús María Alberdi, Mikel Bikondoa, Cristina Navajas, etc.